E Nemzeti Park hazánk különleges, folyók és patakok által formált erdős dombvidéke, ahol a vizenyős, nehezen járható völgytalpakat dimbes-dombos kavicshátak vonulata övezi. Nyugatról kelet felé fokozatosan ellaposodó dombokat, dombsorokat találunk, ezek fennsíkszerű formát alkotnak. A tájképet a folyók völgyei, valamint a bennük siető patakok teszik tagoltabbá. A terület átlagmagassága a tengerszint felett 250-300 m. A legmagasabb pont Felsőszölnökön a Hármashatár (387 m), a legalacsonyabb a Zala-völgyében Felsőjánosfa határában (191 m) van.
Éghajlata átmenetet képez a Dunántúl és az Alpok között, de déli mediterrán elemek is éreztetik itt hatásukat. Így alakult ki a kedvező, ún. szubalpin klíma. A terület legjellemzőbb sajátossága a sok csapadék, az éves csapadékmennyiség 700-950 mm között van, emiatt forrásokban, vízfolyásokban gazdag. Legjelentősebb folyója Rába mely É-ról határolja .